By the time of Rennyo's death, three years later, the general shape and size of the Ishiyama Hongan-ji was already in place. Khi Liên như qua đời ba năm sau đó, hình dáng và kích thước của chùa Ishiyama Hongan nói chung đã được định hình.
The symbol of Osaka was built in 1583 on the former site of Ishiyama Honganji Temple, as ordered by Hideyoshi Toyotomi during the Azuchi-Momoyama Period. Biểu tượng của Osaka được xây dựng vào năm 1583 tại vị trí trước đây của chùa Ishiyama Hongan theo lệnh của Hideyoshi Toyotomi dưới thời Azuchi-Momoyama.
Though some members of the group fled to Kaga Province to make a final stand, the destruction of the Ishiyama Hongan-ji was truly the killing blow which marked the destruction of the sect as a militant force. Mặc dù vài nhà sư đã chạy thoát được đến tỉnh Kaga, nhưng sự tiêu vong của chùa Ishiyama Hongan thực sự là một dấu chấm hết cho vai trò của giáo phái như một lực lượng quân sự.